Envolto em polêmicas, Atomic Heart foi acusado de exibir uma animação racista dentro do jogo. Um trecho de Nu, Pogodli!, desenho produzido na União Soviética e transmitido na década de 60, podia ser visto em um dos cenários do título da Mundfish.
Diante da repercussão negativa, a equipe do estúdio anunciou que removerá o conteúdo do jogo em uma futura atualização.
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